3. juulil 1992 jõustunud Eesti põhiseaduse sätete kohaselt taastati Eestis kolmeastmeline kohtusüsteem, mis tipneb riigikohtuga. Uue kohtusüsteemi lahutamatuks koostisosaks said ka halduskohtud.
Halduskohtu pädevusse kuulub avalik-õiguslike vaidluste lahendamine ja seadusega sätestatud juhtudel haldustoiminguks loa andmine. Seadusega võib halduskohtu pädevusse anda ka muude asjade lahendamise. Kuni 1. jaanuarini 2001 lahendasid halduskohtunikud ka haldusõiguserikkumise asju. Halduskohtumenetluse seadustiku rakendamise seadusega muudeti haldusõiguserikkumise seadustikku ning alates 1. jaanuarist 2001 alluvad haldusõiguserikkumise asjad maakohtutele.
Kaebuse võib halduskohtule esitada vahetult, aga ka halduskohtu tööpiirkonda jääva maakohtu kaudu. Viimasel juhul saadab maakohus kaebuse ja sellele lisatud dokumendid viivitamatult halduskohtule, kus otsustatakse asja menetlusse võtmine.
Tartu Halduskohus asutati 15. septembril 1993. Kohtu esimene esimees Veljo Voog nimetati ametisse 5. oktoobril 1993. aastal. 12. jaanuaril 2000 asus kohtu esimehe kohale
Aastatel 1994–1998 asus Tartu Halduskohus aadressil Riia 12. 1998. aastal kolis kohus aadressile Vanemuise 21. 2001. aastast rentis kohus ruume lisaks ka aadressil Vanemuise 21a. 2002. aasta augustis kolis kohus Tartu kohtumajja aadressiga Kalevi 1.
1. jaanuaril 2006 ühendati Tartu Halduskohus ja Jõhvi Halduskohus. Tartu Halduskohtu
Kohtukantseleid on mõlemas Tartu Halduskohtu kohtumajas avatud esmaspäevast neljapäevani kell 9 - 17 ja reedel kell 9 - 15.45. Riigipühadele vahetult eelnevatel tööpäevadel on kantselei avatud kell 9 - 14.
Tartu Halduskohtu Tartu kohtumaja
Tartu Halduskohtu Jõhvi kohtumaja